在秧田不表現(xiàn)癥狀的帶菌秧苗，移栽后半月至一個月出現(xiàn)病株，一般病株比健株高，但分蘗少或不分蘗，節(jié)間顯著伸長，節(jié)部常彎曲露出葉鞘之外，下部幾個莖節(jié)倒生許多白色或黃褐色的不定根。剝開葉鞘，有時可見節(jié)的上下組織呈暗色，莖上有暗褐色條斑，剖開病莖，可見白色株絲狀菌絲體，以后莖稈腐朽，重病株在孕穗前枯死，輕病株提前抽穗，穗形短小或籽粒不實，有的變成白穗。天氣潮濕時，在枯死病株的表面長滿淡紅色或白色粉霉，后期散生或群生藍(lán)黑色小粒。

水稻抽穗期谷粒也可受害，嚴(yán)重的變?yōu)楹稚荒芄酀{結(jié)實變成癟粒，有的病粒內(nèi)外穎縫合處有一層線狀條紋，天氣潮濕時產(chǎn)生淡紅色霉層。發(fā)病輕的僅谷粒基部或變?yōu)楹稚械牟×Ｍ獗頍o明顯癥狀，但內(nèi)部有菌絲潛伏。

病菌的分生孢子梗無色，分生孢子有大、小兩型。小型分生孢子卵形、橢圓形或紡錘形，單胞，偶見雙胞，zui初在孢子梗上串生成長鏈或簇生成球狀，以后分散；大型分生孢子無色，細(xì)長，新月形，兩端彎曲尖削，基部有足細(xì)胞，一般有3~5個隔膜，通常著生于多次分枝的無色分生孢子梗上，大量孢子聚集時，呈淡紅色，干燥時呈粉紅色或白色。

惡苗病的發(fā)生程度直接影響水稻有效穗數(shù)量和產(chǎn)量，因此準(zhǔn)確和快速鑒別惡苗病并及時采取措施至關(guān)重要。但是，在惡苗病發(fā)生普遍時尤其要注意與生理性病害和病毒性病害的區(qū)別：生理性病害一般表現(xiàn)為老葉或下部葉片先發(fā)病；病毒性病害多心葉和上部幼嫩葉片先發(fā)病；而惡苗病通常全株（包括葉片和葉鞘）表現(xiàn)癥狀。